Le prime tracce di frequentazione umana di questo territorio risalgono al periodo prenuragico e all’età nuragica (vari nuraghi ormai in rovina sorgono nei dintorni del paese).
In periodo fenicio-punico vennero edificati degli insediamenti e delle fortificazioni nella zona di Medau Casteddu. In epoca romana qui passava un acquedotto che arrivava fino a Caralis, l’odierna Cagliari; è stata inoltre rinvenuta una necropoli.
Nel medioevo questo territorio faceva parte del giudicato di Cagliari ed era compreso nella curatoria di Decimo. Nel suo territorio sorgeva il castello di Acquafredda, fatto edificare dai marchesi Lacon-Massa, ultimi giudici di Cagliari. Alla caduta del giudicato (1258) il castello ed il borgo passarono alla famiglia pisana della Gherardesca; in esso fu messo a morte Vanni Gubetta, complice dell’arcivescovo Ruggieri degli Ubaldini, personaggio immortalato da Dante nel XXXIII canto dell’Inferno. Il castello passò sotto il diretto controllo del comune di Pisa, e del giudice di Arborea suo alleato, nel 1295. Nel 1324 fu inutilmente assalito dagli aragonesi, che lo ebbero tuttavia alcuni anni dopo, in seguito alla conquista aragonese della Sardegna.
Nel 1412 il territorio venne dato in feudo dal Re d’Aragona Ferdinando I il Giusto a Pietro Ogter.
Successivamente Siliqua fu incorporata nel marchesato di Villacidro e Palmas. Fu riscattato nel 1839 ai Bon Crespi di Valdaura, ultimi feudatari, con la soppressione del sistema feudale, divenendo così un comune amministrato da un sindaco e da un consiglio comunale.